吉森大學(xué)作為一所綜合性大學(xué)開設(shè)了超過150個(gè)專業(yè)，其中絕大部分都已經(jīng)對課程進(jìn)行了模塊化設(shè)置，并且按照博洛尼亞進(jìn)程轉(zhuǎn)換成分段的學(xué)士/碩士學(xué)制。受歡迎的專業(yè)分別是企業(yè)管理學(xué)、營養(yǎng)學(xué)、各師范專業(yè)以及有招生名額限制的醫(yī)學(xué)專業(yè)（含獸醫(yī)學(xué)）。
該校專業(yè)設(shè)置涵蓋了傳統(tǒng)的自然科學(xué)、哲學(xué)、法學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、人文科學(xué)等領(lǐng)域。尤其是其醫(yī)學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)以及營養(yǎng)學(xué)的水平十分突出，并在該領(lǐng)域提供了德國獨(dú)一無二的綜合學(xué)科專業(yè)。吉森大學(xué)在多年的辦學(xué)過程中注重不斷提高現(xiàn)有專業(yè)水平，并積極拓寬可頒發(fā)學(xué)士和碩士學(xué)位的專業(yè)方向。
醫(yī)學(xué)系是吉森大學(xué)的閃光點(diǎn)。吉森大學(xué)培養(yǎng)出了很多著名的醫(yī)學(xué)專家：德國名醫(yī)格雷戈?duì)?霍斯特斯（Gregor Horstius）；現(xiàn)代藥理學(xué)的奠基人路德維希-畢希納（Ludwig Buechner）；但最著名的還是X射線的發(fā)明者，諾貝爾獎(jiǎng)獲得者威廉-康拉德-倫琴（Wilhelm Conrad R-ntgen）。
吉森大學(xué)曾在QS排名的30個(gè)專業(yè)上，有一個(gè)專業(yè)進(jìn)入世界前200強(qiáng)：農(nóng)林專業(yè)，排名世界第101-150名，是德國僅有10所上榜的學(xué)校之一；在上交大世界大學(xué)學(xué)術(shù)排名上，吉森大學(xué)的醫(yī)科專業(yè)進(jìn)入了世界前200名，排名世界第151-200位，是德國進(jìn)入該排名榜單的17所學(xué)校之一。
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